O continuare a evenimentelor de la Final Fantasy V. la 200 de ani după ce Batz și prietenii săi au salvat două lumi de amenințarea cu ExDeath, apare o amenințare și încearcă să ia singur Cristalele. Linaly, descendent al Batz, și prietenul ei / protectorul Pretz călătoresc la Templul Vântului pentru a căuta sursa acestui nou pericol.