Au trecut doi ani de la bătălia finală cu Sephiroth. Deși Midgar, orașul mako, orașul prosperității, a fost redus la ruine, oamenii săi parcurg încet, dar constant, drumul către reconstrucție. Cu toate acestea, o boală misterioasă numită Geostigma îi chinuiește. Fără leacuri la vedere, aduce moartea celor suferinzi, unul după altul, jefuind oamenii din speranța lor fugitoare.