Eliberat de responsabilitățile sale cu Organizația 501, Motoko Kusanagi trebuie să învețe acum cum să ia comenzi de la Aramaki. Cineva îl are pe Logicomas, iar Batou solicită ajutorul fostului ofițer de informații al armatei Ishikawa și al fostului expert în artilerie aeriană Borma. De asemenea, Kusanagi încearcă să-l înscrie pe lunetistul Saito și pe polițistul sub acoperire Paz în noua secțiune 9 de securitate publică.