Povestea are loc în anul 2034, la doi ani după evenimentele din Ghost in the Shell: S.A.C. 2. GIG. Maiorul cyborg feminin, Motoko Kusanagi, a părăsit Secția 9 de securitate publică, o unitate de combatere a terorismului și anti-crimă de specialitate specializată în război cibernetic, care s-a extins la o echipă de 20 de operatori de teren cu Togusa care acționează ca șef de câmp.