Godzilla se întoarce să terorizeze Japonia! De data aceasta, însă, Japonia are două arme noi pentru a se apăra. Gryphon, o navă de înaltă tehnologie și Dimension Tide, un dispozitiv care creează găuri negre artificiale! În timpul unui test de Dimension Tide, ouăle apar în orașul Shibuya și eclozează în Meganuronii terifiați! Aceste creaturi au nevoie de apă pentru a crește și a inunda orașul Shibuya prin ruperea venelor subterane de apă. Pe măsură ce se înmulțesc și cresc, încep să se hrănească cu energia oamenilor. După ce au adunat suficientă energie, ei se transformă în monștri de libelule uriași numiți Meganuras! Și acum vizează Godzilla pentru ca energia să se hrănească cu larva reginei lor, care în cele din urmă epuizează în terifiantul Megaguirus de 60 de metri, care începe să atace și Godzilla pentru energia sa. Acum începe o luptă pe 3 căi între Godzilla, Megaguirus și oameni! Va câștiga Godzilla? Va supraviețui umanitatea?