Când Mothra a intrat în spațiul exterior pentru a opri un meteorit să ajungă pe Pământ, ea a luat din greșeală celule din Godzilla și celulele rămase din Biollante, care au locuit în atmosfera noastră. Celulele combinate au trecut printr-o gaură neagră și au creat o creatură nouă, Space Godzilla. Space Godzilla se îndreaptă spre Pământ pentru a se confrunta cu Godzilla, Junior Godzilla și noul robot G-Force, MOGERA.