Kenshin sa stabilit în noua sa viață cu Kaoru și pe ceilalți prieteni, când este abordat cu o cerere din partea guvernului Meiji. Makoto Shishio, un fost asasin ca Kenshin, a fost trădat, a pus foc și a plecat pentru moarte. A supraviețuit și este acum în Kyoto, plând cu războinicii adunați să răstoarne noul guvern. Împotriva dorințelor lui Kaoru, Kenshin este de acord cu reticențiat să meargă la Kyoto și să-și păstreze țara să se întoarcă în război civil.