S. Darko o urmărește pe Samantha Darko, sora mai mică a Donnie, protagonista lui Donnie Darko, și prietena ei Corey. În drum spre California, mașina lor se descompune, forțându-i să aștepte într-un oraș mic până când va fi rezolvat. În timp ce acolo, Samantha începe să aibă vise care o avertizează despre sfârșitul universului.