La șase luni după evenimentele descrise în The Matrix, Neo s-a dovedit a fi un bun augur pentru oamenii liberi, deoarece din ce în ce mai mulți oameni sunt eliberați de matrice și aduși în Sion, singurul bastion al Rezistenței. Neo însuși și-a descoperit superputerile, inclusiv super-viteza, capacitatea de a vedea codurile lucrurilor din interiorul matricei și un anumit grad de pre-cunoaștere. Însă o veste urâtă lovește rezistența umană: 250.000 de santinele de mașină sunt săpate în Sion și le-ar ajunge în 72 de ore. În timp ce Sion se pregătește pentru războiul suprem, Neo, Morpheus și Trinitatea sunt sfătuiți de Oracle să găsească Keymaker-ul care îi va ajuta să ajungă la Sursa. Între timp, visele recurente ale lui Neo care ilustrează moartea lui Trinity l-au îngrijorat și, de parcă nu ar fi fost suficient, agentul Smith a scăpat cumva de ștergerea, a devenit mai puternic decât înainte și l-a fixat pe Neo drept următoarea lui țintă.