În anul 2035, condamnatul James Cole a refuzat voluntarii să fie trimiși înapoi în timp pentru a descoperi originea unui virus mortal care a șters aproape toată populația pământului și a obligat supraviețuitorii în comunități subterane. Dar când Cole este trimis din greșeală în 1990 în loc de 1996, este arestat și închis într-un spital mental. Acolo se întâlnește cu psihiatrul Dr. Kathryn Railly și cu pacientul Jeffrey Goines, fiul unui cunoscut expert în virus, care ar putea deține cheia misteriosului grup necinstit, Armata celor 12 maimuțe, s-a gândit a fi responsabil pentru dezlegarea bolii ucigașe.