Profesorul Charles Xavier și echipa sa de supereroi înzestrați genetic se confruntă cu un val de creștere a sentimentului anti-mutant condus de colonelul William Stryker. Storm, Wolverine și Jean Gray trebuie să se alăture nemeselor lor obișnuite – Magneto și Mystique – pentru a dezlănțui schema lui Stryker pentru a extermina toți mutanții.