Michael Kenmore s-a infiltrat pe Atlantida cu o armată de hibrizi, și închide operațiunile Stargate și nivelurile înconjurate pentru a împiedica pe cineva să o ia înapoi. Planul lui; ia-o pe Teyla Emmagan și copilul ei să-și perfecționeze hibridii și să distrugă baza când au terminat. Între timp, locotenentul colonel John Sheppard, dr. Rodney McKay și o echipă încearcă să revină orașul înainte ca Michael să plece cu ceea ce își dorește.